1991年，杨建利在柏克莱加州大学获得数学博士以后，又到著名的哈佛大学甘乃迪学院攻读政治经济学博士学位。杨建利博士因八九年「六四」时返回中国大陆声援天安门广场学运，随后遭大陆当局列为拒绝入境的四十九人黑名单。 杨於1996、1999年两次申请返回中国大陆均被拒绝。杨与妻子傅湘及两名年幼子女住在波士顿，尽管持有绿卡多年，但一直未申请加入美国籍，因他希望保持中国大陆公民身份，有朝一日回大陆「报效祖国」；杨建利认为，如果已成为美国公民，仍对中国事务「指手划脚」，总有点「名不正言不顺」。 傅湘表示，杨於2002年四月十八日自美搭机直飞北京。他告诉妻子，中国正在变革中，他要成为「参与者」，而非「旁观者」，与其在海外「隔岸观火」，不如冒险犯难，实地了解大陆情况。杨建利「六四」后被列为禁止入境的民运人士黑名单中，不可能通过正常途径入境大陆，因此希望妻子理解支持其行动。据称，杨建利此行回大陆的目的，是为了争取异议人士「回家的权利」，并考察中国的工潮。 杨建利於2002年四月廿七日在云南昆明机场使用假身份证购买机票时暴露身份，一度被软禁昆明观光饭店，当天深夜与外界失去联络。杨早已列名中国禁止入境的四十九人「黑名单」上。 1998年杨建利开始担任二十一世纪中国基金会的主席，主编《二十一世纪中国丛书》；他继承了基金会每年举行一至两次学术研讨会的传统，邀请海内外各方面的专家学者就中国的焦点问题进行深入的研究。他先后主办了「文革三十五周年学术研讨会」（哈佛大学协办）、政党政治和中国前途（柏克莱加州大学协办）、乡村选举和中国的民主化（普林斯顿大学中国学社协办）、全球化与两岸关系研讨会（美国大学协办）等一系列研讨会；最近两年他还主办了两届「族群青年领袖研习营」活动，邀集了来自海内外的港澳台藏蒙回汉等各方面的青年俊杰，从现实环境条件入手，营造未来民族和解的基础，争取在最大限度内实践他「和平、理性、非暴力」的理念。 在现今的海外民运中，杨建利是一个有留学生背景的代表性人物，他不仅是一个投身海外中国民主运动的实践者，也是一个对於中国民主宪政理论的不懈探索者，九十年代中期，他曾参与著名政治学者严家其等人的「联邦中国」研究专案，《中华联邦宪法草案》即为这个专案的一个具体成果；杨亦曾於海外各媒体上发表大量研究中国民主政治的理论文章，并曾创办网路周刊《议报》（http://www.chinaeweekly.com）并担任社长。
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